Desta vez, Jason Bourne, agora conhecido como o professor David Webb, esta à procura de tranquilidade. Ele resolveu retomar o posto de professor na Universidade de Georgetown. Em pouco tempo, porém, ele acaba se entediando com a pacata vida no campus. Quando seu mentor acadêmico, o professor Specter, o convida para investigar a morte de um antigo aluno, assassinado por uma seita extremista islâmica, ele retorna ao trabalho com entusiasmo. Quase ao mesmo tempo, do outro lado do planeta, Semion Icoupov, líder da organização terrorista Legião Negra, e Leonid Arkadin, um matador de aluguel, se unem para arrancar, através de tortura, preciosas informações de Pyotr Zilver, um estudante especializado em transmissão de dados através das consideras ''''novas tecnologias''''. Quando David Webb, o lado B da personalidade de Bourne, salva o professor Specter de um ataque, dentro da universidade, o cerco começa a se fechar. Specter, na verdade um caçador de terroristas motivado por vingança, busca descobrir os próximos passos da Legião Negra, desde a morte de seu aluno, Pyotr Zilber. E para isso contará com a colaboração de Jason Bourne.